Troškovi medijacije su mnogo niži od parničnih već zbog toga što medijacija započinje i okončava se brzo. Troškovi medijacije su u pravilu jednokratni i određuju prema HUM-ovom Troškovniku. Troškovnik previđa tri mogućnosti: bez naknade, prema Troškovniku i prema dogovoru s medijatorom. Stranke troškove mirenja snose na jednake dijelove, ako se drugačije ne sporazume.